Als sich die Einwohnerzahl nach dem zweiten Weltkrieg durch den Zuzug Heimatvertriebener in kurzer Zeit verdoppelte, wurde die Heilig Kreuz Kirche 1963 – 1966 im westlichen Stadtgebiet von Bad Säckingen erbaut.
Das Patrozinium der Kirche gründet bewusst in der Geschichte Säckingens: Der Überlieferung nach soll die hl. Mathilde, die Gemahlin Kaiser Heinrichs I., um das Jahr 925 dem Kloster Säckingen ein Partikel vom Kreuz Christi geschenkt haben, die bald so große Verehrung im weiten Umkreis genoss, dass z.B. im 11. Jahrhundert der St. Galler Mönch Ekkehard IV. Säckingen als "Ort des Heiligen Kreuzes" bezeichnen konnte.
Die Kreuzreliquie wurde in einer eigenen Kapelle des Münsters aufbewahrt, die mit einer Kaplanei verbunden war. Für die Betreuung von Reliquie und Kapelle bestand ein Amt, das von einer Chorfrau, der sog. "Amtfrau des Hl. Kreuzes", versehen wurde.
Im späten Mittelalter wurde die Verehrung des Hl. Kreuzes durch diejenige des hl. Fridolin in den Schatten gestellt. Bei der Säkularisation ging das kostbare Kreuzreliquiar verloren.
Nun lebte in der neuen Kirche die Tradition der ehemaligen Heilig-Kreuz-Kapelle wieder auf.
Hinter der Kirche befindet sich das Pfarrhaus mit dem Pfarrbüro und der Sozialstation St. Martin und unter der Kirche unsere Pfarrsäle, in denen die meisten Veranstaltungen stattfinden.