Über die Entstehung der Pfarrei Obersäckingen gibt es keine genauen Überlieferungen. Sie wird um die Zeit des 8. Jahrhunderts angesetzt.
In Obersäckingen hatte das Stift Säckingen auf seinem Grund und Boden, wohl als der ersten Kirchen außerhalb des Klosters, eine Pfarrkirche errichtet.
Bis ins 12. Jahrhundert war Obersäckingen eine Eigenkirche des Stiftes Säckingen, danach wandelte sich das Eigenkirchenrecht in ein Patronatsverhältnis. Die Äbtissin zu Säckingen blieb bis 1806 Patronatsherrin und besaß das Recht den Pfarrer einzusetzen.
Zum Kirchsprengel Obersäckingen gehören auch die Dörfer auf dem Südrand des Hotzenwaldes: Rippolingen und Harpolingen, die der Martinskirche im Tal pfarrhörig waren.
Die Grundsteinlegung der jetzigen Pfarrkirche von Obersäckingen war am 3. September 1860, und schon im Sommer 1863 war der Bau vollendet. Seitdem steht die Pfarrkirche von St. Martin als markanter Bau in der Landschaft, weithin sichtbar auf ihrer Anhöhe über dem Dorf.
In den Jahren 1959 / 60 und 1973 wurde der Innenraum gründlich renoviert.
Ein ganz besonderes Ereignis ist in Obersäckingen jährlich das "Martini-Fest". Schon im Mittelalter ging am Martinstag die Prozession um die Kirche, und seit 1961 wird am Vorabend bei einem feierlichen Lichterzug den Kindern die Martinsgeschichte vor Augen geführt.